Οι χριστιανικές κοινότητες οργανώθηκαν από πολύ νωρίς. Σε κάθε τοπική Εκκλησία, εκτός από τον λαό (λαϊκούς), υπήρχαν ο επίσκοπος, οι πρεσβύτεροι και οι διάκονοι που είχαν την ευθύνη της και αποτελούσαν τον κλήρο. Ο επίσκοπος εκλεγόταν από τον κλήρο. Το έργο των κληρικών ήταν να τελούν τη Θεία Ευχαριστία και τα μυστήρια (λειτουργοί), να διδάσκουν τον λόγο του Θεού (διδάσκαλοι) και να φροντίζουν την πνευματική προκοπή των πιστών (ποιμένες). Κλήρος και λαός λειτουργούσαν ως ενιαίο σώμα και το κάθε μέλος ενεργούσε σύμφωνα με το χάρισμά του. Οι κληρικοί εκλέγονταν από τις κοινότητές τους και μπορούσαν να είναι έγγαμοι.
Ο επίσκοπος, ως διαχειριστής του Θεού, πρέπει να είναι αδιάβλητος. να μην είναι υπεροπτικός, ευέξαπτος, μέθυσος, φιλόνικος και να μην επιδιώκει αθέμιτα κέρδη. Αντίθετα, πρέπει να είναι φιλόξενος, να αγαπάει το καλό, να είναι συνετός, δίκαιος, ευσεβής, να κυριαρχεί στον εαυτό του, να είναι προσηλωμένος στο κήρυγμα που συμφωνεί με τη διδαχή που μας παραδόθηκε και συνεπώς είναι αξιόπιστο. Έτσι θα μπορεί και να καθοδηγεί σύμφωνα με τη σωστή διδασκαλία και να ελέγχει όσους είναι αντίθετοι σε αυτήν.
Τιτ 1, 7-9
Το ίδιο και οι διάκονοι πρέπει να είναι σεμνοί, όχι διπρόσωποι, να μην έχουν το νου τους στο πολύ κρασί ούτε στο άνομο κέρδος. Να κρατούν με καθαρή συνείδηση την πίστη που αποκάλυψε ο Θεός. Κι αυτοί όμως πρέπει πρώτα να δοκιμάζονται και όταν βρεθεί ότι δεν τους κατηγορεί κανείς, τότε μόνο να γίνονται διάκονοι. Το ίδιο και οι γυναίκες (εννοεί τις διακόνισσες) πρέπει να είναι σεμνές, να μην κακολογούν, να είναι προσεκτικές, άξιες εμπιστοσύνης σε όλα.
Α Τιμ 3, 8-11
Ο επίσκοπος κατά την άσκηση της εξουσίας του καθοδηγείται από τον χριστιανικό νόμο της αγάπης. Δεν είναι κάποιος τύραννος, αλλά ο πατέρας του ποιμνίου του. Το κύρος που διαθέτει είναι ουσιαστικά το κύρος που διαθέτει η Εκκλησία. Όσα μεγάλα κι αν είναι τα προνόμια του επισκόπου, δεν είναι κάποιος που έχει τοποθετηθεί πάνω από την Εκκλησία, αλλά είναι αυτός που κατέχει ένα αξίωμα μέσα στην Εκκλησία. Επίσκοπος και λαός αποτελούν μια οργανική ενότητα, και κανείς δεν μπορεί να νοηθεί χώρια από τον άλλο. Χωρίς επισκόπους δεν μπορεί να υπάρξει Ορθόδοξος λαός, αλλά και χωρίς Ορθόδοξο λαό δεν μπορεί να υπάρξει αληθινός επίσκοπος.
Κάλλιστος Ware (Ορθόδοξος Βρετανός Επίσκοπος Διοκλείας),
Η Ορθόδοξη Εκκλησία
Από τον 3ο αι. μ.Χ., οι επίσκοποι των μεγαλύτερων πόλεων ονομάστηκαν «μητροπολίτες», επίσκοποι δηλαδή της μητροπόλεως, της πρωτεύουσας μιας ρωμαϊκής επαρχίας. Από τον 5ο αι. μ.Χ., οι μητροπολίτες κάποιων πόλεων που ήταν σπουδαία κέντρα του Ρωμαϊκού κράτους ονομάστηκαν «πατριάρχες». Οι πόλεις αυτές που έγιναν και μεγάλα κέντρα του χριστιανισμού ήταν η Ρώμη, η Κωνσταντινούπολη, η Αλεξάνδρεια, η Αντιόχεια και τα Ιεροσόλυμα.