Γεννήθηκε στη Νάξο και σπούδασε θεολογία στη Σμύρνη. Η μόρφωσή του, ωστόσο, περιελάμβανε και φιλοσοφικές, οικονομικές, ιατρικές και αστρονομικές γνώσεις. Χειριζόταν εξαιρετικά την ελληνική γλώσσα και γνώριζε γαλλικά, ιταλικά και λατινικά. Μόνασε στο Άγιο Όρος για 35 περίπου χρόνια. Αλληλογραφούσε με πολλούς λογίους της εποχής του και έγραψε πολλά βιβλία.
Άραγε, δεν είναι αξιοθρήνητο να βλέπει κανείς τόσους και τόσους αδελφούς να έχουν αφήσει τον κόσμο και να κατοικούν σε βουνά και σε σπηλιές για να σώσουν την ψυχή τους, να χύνουν ματωμένους ιδρώτες, να αγωνίζονται εντατικά με νηστείες, αγρυπνίες, κακοπάθειες, βαρυφορτωμένοι για να μεταφέρουν τις προμήθειες και το νερό τους, να πεζοπορούν σε δύσβατους τόπους και σε μονοπάτια σύρριζα σε γκρεμούς και, παρ’ όλα αυτά, να τους βλέπει κανείς να τρέφουν στην καρδιά τους ένα φαρμακερό φίδι, δηλαδή το μίσος κατά των αδελφών τους; […] Αδελφοί και πατέρες, αν δεν ξεριζώσετε το μίσος από την καρδιά σας και δεν φυτέψετε εκεί την αγάπη, και αν δεν πάψετε να δυσφημείτε τους αδελφούς σας, να το ξέρετε –και συγχωρήστε μου την τόλμη– ότι μάταια κατοικείτε στα όρη και στα βουνά. Μάταιοι είναι όλοι οι ασκητικοί αγώνες, οι κόποι και οι ιδρώτες σας.
Νικόδημος ο Αγιορείτης, Ομολογία πίστεως, ήτοι απολογία δικαιοτάτη